Este comportamento do gerenciador de janelas é esquisito, para não dizer indesejável. A coisa fica mais estranha ainda pois não tenho meios de rastrear a causa do problema (placa de vídeo, kernel, gnome, gdm qual é o cupido?). Alguém pode, em algumas situações, acusar o compiz, mas este não o caso - placa legada:

dhcppc0:/home/gilberto # hwinfo --gfxcard 
21: PCI(AGP) 100.0: 0300 VGA compatible controller (VGA)
  [Created at pci.318]
  Unique ID: VCu0.UZW4QWn62T6
  Parent ID: vSkL.uvrveDpO5n6
  SysFS ID: /devices/pci0000:00/0000:00:01.0/0000:01:00.0
  SysFS BusID: 0000:01:00.0
  Hardware Class: graphics card
  Model: "nVidia GeForce4 MX 440 with AGP8X"
  Vendor: pci 0x10de "nVidia Corporation"
  Device: pci 0x0181 "GeForce4 MX 440 with AGP8X"
  Revision: 0xc1
  Driver: "nvidia"
  Driver Modules: "nvidia"

Assim que estalei o openSUSE 11.3 em casa ficou difícil evitar seu uso e olha que minha família ainda não viu - ou não usufruiu - das ferramentas gráficas pois ficamos aproximadamente 3 meses usando o driver de vídeo que vem instalado por padrão - O projeto Nouveau. Só recentemente a Nvidia publicou uma atualização para minha placa de vídeo e é claro para a minha versão do kernel.

Bom, até agora podemos dizer que o problema não é hardware. Por que? Você pode perguntar. Veja, usei dois tipos de driver e com ambos o comportamento (defeito) persistiu. O pior é que fica dias sem aparecer e de repente acontece. Até então não havia outro meio de contornar o problema senão encerrar a sessão e entrar novamente. Hoje encontrei uma discussão sobre o assunto - Adivinha? Aconteceu hoje novamente - e nessa discussão o usuário “Rvos” sugere o seguinte contorno:

Tente alt+f2, depois digite metacity --replace

Com essa opção não tenho que encerra a sessão para que as janelas voltem ao normal.

Mas …​ como vamos explicar essa solução para meu filho de 9 anos ou mesmo para minha esposa? Sei que farão com bastante tranquilidade quando estiver por perto, mas quando não estiver?

ATUALIZAÇÃO (25/06/2011): Após um longo período sem este problema, aconteceu novamente: desta vez enquanto usava o qBittorrent. Esta discussão pode revelar algum caminho para resolução deste problema. Com o comando sugerido, verifiquei a minha configuração:

gilberto@dhcppc0:~> gconftool-2 -R /desktop/gnome/session
 required_components_list = [windowmanager,panel,filemanager]
 default_session = [gnome-settings-daemon]
 idle_delay = 90
 /desktop/gnome/session/required_components:
  filemanager = nautilus
  windowmanager = gnome-wm
  panel = gnome-panel

E com outro ajustei para o sugerido:

gilberto@dhcppc0:~> gconftool-2 -s -t string /desktop/gnome/session/required_components/windowmanager "metacity"

Vamos aguardar e torcer!

ATUALIZAÇÃO (31/12/2010): Aconteceu novamente. Desta vez enquanto verificava a lista de contatos no Empathy. O mais complicado foi constatar que este problema afeta a digitação. Ao utilizar as teclas de atalho - alt + f2 - não aconteceu nada, a tela de execução de aplicativos não apareceu. Utilizei o menu iniciar para acionar o prompt de comando - terminal gnome - que logo apareceu, mas não recebia qualquer digitação. O que fazer? Fui abrindo - através do menu iniciar - aplicativos que pudessem receber digitação, mas nenhum respondia. Então tentei a caixa de texto para pesquisa do próprio menu iniciar: Caixa de texto para pesquisa, menu iniciar.

Com isso, fiz uma cópia do texto - ctrl+c - e adicionei um ícone no painel principal, aquela grande barra no rodapé da tela, para acionar o Executar Aplicativo: Observe que a imagem traz o botão de fechar, isso porque fiz a captura da tela agora depois de todo o processo. Com o ícone disponível foi só acioná-lo e colar - ctrl+v - o comando (metacity -replace) e executar. Pronto! Voltou ao normal! Até quando?